Beacon Designer PCR(引物和探針設(shè)計(jì)軟件)

Beacon Designer 是一款由 Premier Biosoft 公司開發(fā)的引物和探針設(shè)計(jì)軟件。它提供了一套全面的工具和算法，用于設(shè)計(jì)高效、特異性和可靠的引物和探針序列，適用于各種分子生物學(xué)應(yīng)用和實(shí)驗(yàn)。軟件為用戶提供了多種引物設(shè)計(jì)算法，包括引物長度、Tm 值、GC 含量、二聚體形成和特異性等因素的考慮。它能夠自動(dòng)設(shè)計(jì)引物序列，優(yōu)化設(shè)計(jì)參數(shù)，以確保引物的高效性和特異性。更是支持多種探針設(shè)計(jì)模式，如 TaqMan 探針、Molecular Beacons 和 Scorpions 探針等。用戶可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求選擇合適的探針類型，并根據(jù)設(shè)計(jì)參數(shù)生成可靠的探針序列，有需要的小伙伴快快下載體驗(yàn)吧！

Beacon Designer PCR功能介紹

SYBR Green 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
SYBR Green 可能是實(shí)時(shí)PCR中最常用的化學(xué)分子。BeaconDesigner可以設(shè)計(jì)SYBR Green PCR引物，并且可以幫助您進(jìn)行前導(dǎo)引物評(píng)估。您可以自主控制設(shè)計(jì)參數(shù)或者直接選擇由專家研究和交流后得到的默認(rèn)值。同時(shí)您還可以針對(duì)特殊的實(shí)驗(yàn)需要自己設(shè)置默認(rèn)值。除了可以在目的基因的任意位置中定位引物，Beacon Designer 還可以跨內(nèi)顯子-內(nèi)顯子或外顯子-外顯子設(shè)計(jì)引物。跨外顯子內(nèi)含子連接的引物設(shè)計(jì)有助于選擇性地從gDNA中擴(kuò)增得到cDNA。
HRMA 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
Beacon Designer提供了一個(gè)檢測(cè)突變的高效方法。相對(duì)于以探針為基礎(chǔ)的基因型分析，HRMA更經(jīng)濟(jì)實(shí)惠。該軟件運(yùn)用一種特有的專利的算法，能夠設(shè)計(jì)出檢測(cè)突變的最好引物。
HRMA引物被設(shè)計(jì)將感興趣的突變?cè)O(shè)計(jì)于最短的擴(kuò)增子，能夠檢測(cè)到解鏈溫度變化。引物避免了模板的二級(jí)結(jié)構(gòu)，保證了有效的引物延伸。HRMA引物可以在NCBI上比對(duì)核苷酸信息來檢測(cè)特異性。此外，預(yù)引物和已經(jīng)發(fā)表的引物同樣可以用來檢測(cè)。
雙標(biāo)簽探針設(shè)計(jì)
Beacon Designer目前支持基于四種探針的化學(xué)反應(yīng)：
TaqMan 探針
使用Beacon Designe能夠幫助您研究不同基因表達(dá)以及單核苷酸多態(tài)性。同樣，您可以選擇LNA替代taqman探針，它比taqman探針更加穩(wěn)定。Beacon Designer可以幫助您設(shè)計(jì)甲基化的taqman探針。MethyLight 是一個(gè)高通量的分析，用來區(qū)別甲基化和非甲基化的DNA。通過Beacon Designer，可以通過設(shè)定甲基化和非甲基化鏈，以及未處理DNA序列的寡核苷酸來適當(dāng)?shù)乜刂埔锖吞结樀脑O(shè)計(jì)。您可以使用這些化學(xué)物評(píng)估pre-designed/published的引物或TaqMan探針。設(shè)計(jì)完成之后，系統(tǒng)會(huì)根據(jù)不同的寡核苷酸屬性將設(shè)計(jì)的結(jié)果按性能排序并給出一個(gè)結(jié)果列表。
分子信標(biāo)
設(shè)計(jì)或評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)分子信標(biāo)或用于NASBA分析的分子信標(biāo)。NASBA是一個(gè)依賴引物的技術(shù)，用于單一混合物在一個(gè)溫度下的連續(xù)擴(kuò)增。您可以設(shè)計(jì)單一溫度或多反應(yīng)的分子信標(biāo)。
Scorpions
Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設(shè)計(jì)。Scorpions分析不依賴于探針的酶活性口袋。引物和探針在反應(yīng)過程中緊密的偶聯(lián)。
FRET探針
Beacon Designer可以對(duì)之前設(shè)計(jì)的FRET探針進(jìn)行再設(shè)計(jì)和評(píng)估。BeaconDesigner 中，F(xiàn)RET探針能與SYBR Green偶聯(lián)在一起。
多重實(shí)時(shí)PCR分析
利用Beacon Designer，您可以根據(jù)多重實(shí)時(shí)PCR分析設(shè)計(jì)TaqMan，可多達(dá)5條包含參考基因選擇的序列。

軟件優(yōu)勢(shì)

1、強(qiáng)大的設(shè)計(jì)算法
Beacon Designer 集成了先進(jìn)的設(shè)計(jì)算法，能夠生成高度特異性和高效的引物和探針序列。它考慮了多種因素，如引物間的配對(duì)和二聚體形成，以確保設(shè)計(jì)的引物和探針具有最佳的性能。
2、可靠的設(shè)計(jì)結(jié)果
Beacon Designer 提供準(zhǔn)確的設(shè)計(jì)結(jié)果，并通過多個(gè)評(píng)估指標(biāo)來驗(yàn)證設(shè)計(jì)的質(zhì)量。它能夠預(yù)測(cè)引物和探針的特性，如熔解溫度（Tm），峰值偏差和二聚體形成概率，從而幫助用戶選擇最佳的設(shè)計(jì)方案。
3、用戶友好的界面
Beacon Designer 提供直觀易用的界面，使用戶能夠輕松地進(jìn)行引物和探針的設(shè)計(jì)。它提供了豐富的選項(xiàng)和參數(shù)設(shè)置，以滿足不同實(shí)驗(yàn)需求，并且具有靈活的設(shè)計(jì)工作流程。
4、多種設(shè)計(jì)模式
Beacon Designer 支持多種設(shè)計(jì)模式，包括引物設(shè)計(jì)、探針設(shè)計(jì)和多引物設(shè)計(jì)。用戶可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)的要求選擇合適的模式，并進(jìn)行定制化的設(shè)計(jì)。
5、綜合的設(shè)計(jì)報(bào)告
Beacon Designer 生成詳細(xì)的設(shè)計(jì)報(bào)告，包括設(shè)計(jì)的引物和探針序列、物理特性和評(píng)估結(jié)果。這些報(bào)告可以幫助用戶進(jìn)行進(jìn)一步的分析和決策。