Beacon Designer PCR(引物和探針設計軟件)

Beacon Designer 是一款由 Premier Biosoft 公司開發(fā)的引物和探針設計軟件。它提供了一套全面的工具和算法，用于設計高效、特異性和可靠的引物和探針序列，適用于各種分子生物學應用和實驗。軟件為用戶提供了多種引物設計算法，包括引物長度、Tm 值、GC 含量、二聚體形成和特異性等因素的考慮。它能夠自動設計引物序列，優(yōu)化設計參數(shù)，以確保引物的高效性和特異性。更是支持多種探針設計模式，如 TaqMan 探針、Molecular Beacons 和 Scorpions 探針等。用戶可以根據(jù)實驗需求選擇合適的探針類型，并根據(jù)設計參數(shù)生成可靠的探針序列，有需要的小伙伴快快下載體驗吧！

Beacon Designer PCR功能介紹

SYBR Green 試驗設計
SYBR Green 可能是實時PCR中最常用的化學分子。BeaconDesigner可以設計SYBR Green PCR引物，并且可以幫助您進行前導引物評估。您可以自主控制設計參數(shù)或者直接選擇由專家研究和交流后得到的默認值。同時您還可以針對特殊的實驗需要自己設置默認值。除了可以在目的基因的任意位置中定位引物，Beacon Designer 還可以跨內(nèi)顯子-內(nèi)顯子或外顯子-外顯子設計引物?？缤怙@子內(nèi)含子連接的引物設計有助于選擇性地從gDNA中擴增得到cDNA。
HRMA 試驗設計
Beacon Designer提供了一個檢測突變的高效方法。相對于以探針為基礎(chǔ)的基因型分析，HRMA更經(jīng)濟實惠。該軟件運用一種特有的專利的算法，能夠設計出檢測突變的最好引物。
HRMA引物被設計將感興趣的突變設計于最短的擴增子，能夠檢測到解鏈溫度變化。引物避免了模板的二級結(jié)構(gòu)，保證了有效的引物延伸。HRMA引物可以在NCBI上比對核苷酸信息來檢測特異性。此外，預引物和已經(jīng)發(fā)表的引物同樣可以用來檢測。
雙標簽探針設計
Beacon Designer目前支持基于四種探針的化學反應：
TaqMan 探針
使用Beacon Designe能夠幫助您研究不同基因表達以及單核苷酸多態(tài)性。同樣，您可以選擇LNA替代taqman探針，它比taqman探針更加穩(wěn)定。Beacon Designer可以幫助您設計甲基化的taqman探針。MethyLight 是一個高通量的分析，用來區(qū)別甲基化和非甲基化的DNA。通過Beacon Designer，可以通過設定甲基化和非甲基化鏈，以及未處理DNA序列的寡核苷酸來適當?shù)乜刂埔锖吞结樀脑O計。您可以使用這些化學物評估pre-designed/published的引物或TaqMan探針。設計完成之后，系統(tǒng)會根據(jù)不同的寡核苷酸屬性將設計的結(jié)果按性能排序并給出一個結(jié)果列表。
分子信標
設計或評估標準分子信標或用于NASBA分析的分子信標。NASBA是一個依賴引物的技術(shù)，用于單一混合物在一個溫度下的連續(xù)擴增。您可以設計單一溫度或多反應的分子信標。
Scorpions
Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設計。Scorpions分析不依賴于探針的酶活性口袋。引物和探針在反應過程中緊密的偶聯(lián)。
FRET探針
Beacon Designer可以對之前設計的FRET探針進行再設計和評估。BeaconDesigner 中，F(xiàn)RET探針能與SYBR Green偶聯(lián)在一起。
多重實時PCR分析
利用Beacon Designer，您可以根據(jù)多重實時PCR分析設計TaqMan，可多達5條包含參考基因選擇的序列。

軟件優(yōu)勢

1、強大的設計算法
Beacon Designer 集成了先進的設計算法，能夠生成高度特異性和高效的引物和探針序列。它考慮了多種因素，如引物間的配對和二聚體形成，以確保設計的引物和探針具有最佳的性能。
2、可靠的設計結(jié)果
Beacon Designer 提供準確的設計結(jié)果，并通過多個評估指標來驗證設計的質(zhì)量。它能夠預測引物和探針的特性，如熔解溫度（Tm），峰值偏差和二聚體形成概率，從而幫助用戶選擇最佳的設計方案。
3、用戶友好的界面
Beacon Designer 提供直觀易用的界面，使用戶能夠輕松地進行引物和探針的設計。它提供了豐富的選項和參數(shù)設置，以滿足不同實驗需求，并且具有靈活的設計工作流程。
4、多種設計模式
Beacon Designer 支持多種設計模式，包括引物設計、探針設計和多引物設計。用戶可以根據(jù)實驗的要求選擇合適的模式，并進行定制化的設計。
5、綜合的設計報告
Beacon Designer 生成詳細的設計報告，包括設計的引物和探針序列、物理特性和評估結(jié)果。這些報告可以幫助用戶進行進一步的分析和決策。