BioSolvetIT SeeSAR(可視化藥物設(shè)計(jì)平臺(tái))

只需一次點(diǎn)擊，即可將您的化合物對(duì)接！篩選活性物質(zhì)庫(kù)，并本能地評(píng)估您的結(jié)果。

8、相似性掃描儀模式

根據(jù)分子相似性排列化合物，無(wú)需目標(biāo)結(jié)構(gòu)。

更新日志

v13.1.1版本

共價(jià)對(duì)接的改進(jìn)

共價(jià)彈頭的自動(dòng)探測(cè)；SeeSAR現(xiàn)在從輸入分子中檢測(cè)36種最常用的共價(jià)彈頭，并自動(dòng)將其轉(zhuǎn)化用于共價(jià)對(duì)接，從而產(chǎn)生共價(jià)蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物。

一旦共價(jià)對(duì)接開(kāi)始，檢測(cè)和轉(zhuǎn)化就在后臺(tái)進(jìn)行。

用戶現(xiàn)在可以避免手動(dòng)編輯分子和在輸入分子的適當(dāng)位置添加連接原子的繁瑣步驟。

帶有接頭[R]的分子仍然像往常一樣支持共價(jià)對(duì)接。

適合共價(jià)對(duì)接的自動(dòng)檢測(cè)蛋白質(zhì)殘基

SeeSAR現(xiàn)在檢測(cè)結(jié)合位點(diǎn)中的殘基Cys、Ser、Thr、Tyr、Lys、Gln和Asn，并將其制備為錨，用于通過(guò)對(duì)接以對(duì)接模式共價(jià)附著分子。

任何適合共價(jià)?？吭诮Y(jié)合位點(diǎn)的殘基(來(lái)自上面的列表)在可能發(fā)生共價(jià)連接的側(cè)鏈上以藍(lán)色半透明膠囊突出顯示。

要選擇一個(gè)殘基進(jìn)行共價(jià)對(duì)接，只需單擊相應(yīng)的膠囊即可。共價(jià)對(duì)接的殘基分配通過(guò)膠囊顏色變?yōu)榉奂t色來(lái)直觀指示。

注意:對(duì)接過(guò)程中，SeeSAR不會(huì)確定所選殘基與對(duì)接庫(kù)中分子的相容性。來(lái)自停靠庫(kù)的所有分子將?？吭谶x定的殘基上。

外部硬件上的大規(guī)模塢站:引入外部對(duì)接模式

?？磕Ｊ介_(kāi)關(guān)現(xiàn)在可以切換到右側(cè)，以找到SeeSAR的新模式，用于運(yùn)行大規(guī)模?？坑?jì)算外部硬件，如單個(gè)強(qiáng)大的機(jī)器或集群。

成功使用此模式的先決條件是配置HPSee、BioSolveIT的高性能計(jì)算框架，該框架也隨此版本一起推出。

一旦在外部服務(wù)器(遠(yuǎn)程機(jī)器、集群)上安裝了HPSee，就可以通過(guò)SeeSAR的系統(tǒng)設(shè)置中新添加的“Web服務(wù)”選項(xiàng)來(lái)配置對(duì)服務(wù)器的訪問(wèn)。

該模式接受各種輸入，包括從其他模式添加的分子、從外部文件加載的分子以及通過(guò)HPSee上傳到外部服務(wù)器的庫(kù)。

此模式下的所有?？窟\(yùn)行都在配置的外部硬件上運(yùn)行，一旦啟動(dòng)運(yùn)行，用戶就可以切換到SeeSAR中的其他模式來(lái)執(zhí)行其他任務(wù)。

如果用戶愿意，也可以通過(guò)在系統(tǒng)設(shè)置的“計(jì)算”選項(xiàng)中打開(kāi)相應(yīng)的自動(dòng)計(jì)算，在服務(wù)器上完成停靠姿態(tài)的海德優(yōu)化。

注意:一旦在此模式下啟動(dòng)?？窟\(yùn)行，建議不要改變所用蛋白質(zhì)的結(jié)合位點(diǎn)。

用戶通過(guò)播放按鈕上的進(jìn)度指示器得知正在進(jìn)行的對(duì)接運(yùn)行的狀態(tài)。

用戶可以通過(guò)單擊橙色按鈕來(lái)取消已經(jīng)開(kāi)始的運(yùn)行，這將終止運(yùn)行并從服務(wù)器中刪除所有結(jié)果。

通過(guò)由消息中心傳送的適當(dāng)通知消息，用戶被告知他們啟動(dòng)的運(yùn)行完成。

可用性改進(jìn):加強(qiáng)對(duì)顏色和可見(jiàn)度的控制

SeeSAR現(xiàn)有版本中的序列視圖現(xiàn)在被更恰當(dāng)?shù)孛麨椤澳繕?biāo)視圖控制”面板。該部分提供了改進(jìn)的可用性，以控制裝載到SeeSAR中的目標(biāo)大分子的不同組分的可見(jiàn)性和顏色。

不言自明的下拉項(xiàng)目“可見(jiàn)性”和“顏色”規(guī)定了目標(biāo)上的哪些成分，即殘基、鏈、分子、金屬和表面，將在其上進(jìn)行預(yù)期的顏色或可見(jiàn)性分配。

雜項(xiàng)改進(jìn)

將蛋白質(zhì)加載到蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)編輯器模式時(shí)，SeeSAR會(huì)檢查結(jié)構(gòu)的完整性，如果結(jié)構(gòu)不完整，會(huì)通過(guò)表格上蛋白質(zhì)條目上的指示器警告用戶。

如果SeeSAR檢測(cè)到PDB信息數(shù)據(jù)庫(kù)過(guò)期，PDB輸入?yún)^(qū)會(huì)顯示一個(gè)警告三角形。