Geneious Prime官方版

Geneious Prime官方版是一款非常專業(yè)并且是世界上領(lǐng)先的分子生物學(xué)和序列分析工具套件。軟件具有梯形擬合和峰值調(diào)用功能，并能自動生成基因型微衛(wèi)星位點(diǎn)和等位基因列表，提供業(yè)界最先進(jìn)和全面的分子生物學(xué)和序列分析工具套件。還為用戶提供了序列比對、序列觀看、PCR引物設(shè)計(jì)等多種功能，它結(jié)合目前所有主要的生物信息學(xué)分析工具，可進(jìn)行序列比對和序列觀看、Motif搜索和開放讀碼框、限制性內(nèi)切酶分析和PCR引物設(shè)計(jì)、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的觀看等操作。如果您需要在序列視圖中顯示帶注釋的基因組和特性匯編渲染圖，那么現(xiàn)在可以直接自定義和可視化這些良好的效果，自由地選擇算法，輕松地查看提供的變異調(diào)用!對于分子生物學(xué)，該軟件還可以模擬各個步驟的分子克隆操作，特別是基于內(nèi)置的引物設(shè)計(jì)工具、檢測PCR工具、引物測序工具等，您可以根據(jù)自己的搜索習(xí)慣自由創(chuàng)建引物數(shù)據(jù)庫！可謂是真正全新跨時代的分子生物學(xué)和序列分析工具套件。需要的朋友快下載吧！

Geneious Prime官方版特色

1、NGS預(yù)處理
導(dǎo)入Illumina，PacBio和NanoPore讀取
修剪，過濾和解復(fù)用單端和成對端數(shù)據(jù)
合并配對的讀
重復(fù)數(shù)據(jù)刪除
錯誤糾正和規(guī)范化
濾除嵌合體
學(xué)到更多
2、制圖和重新組裝
只需在業(yè)界領(lǐng)先的制圖算法和從頭組裝算法之間切換
支持匯編Sanger和NGS數(shù)據(jù)，包括任何長度的Illumina，PacBio和Oxford納米孔讀取，包括雙端讀取和混合裝配
組裝微生物基因組，質(zhì)粒和其他環(huán)狀序列時產(chǎn)生環(huán)狀重疊群
基因組比較和MAUVE基因組比對結(jié)束
映射程序包括BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat
從頭組裝算法，包括SPAdes，F(xiàn)lye，MIRA，Tadpole和Velvet
3、變體調(diào)用和表達(dá)分析
使用FreeBayes調(diào)用SNP /變體
使用同步的基因組視圖對表格結(jié)果進(jìn)行實(shí)時過濾
在映射的RNA-seq數(shù)據(jù)上計(jì)算和比較表達(dá)水平
使用PCA和火山圖進(jìn)行可視化
4、序列分析
修剪，組裝和查看Sanger測序跟蹤文件
更正基礎(chǔ)調(diào)用并創(chuàng)建共識序列
注釋主題，ORF和重復(fù)
預(yù)測基因和結(jié)構(gòu)元素
通過針對數(shù)據(jù)庫的相似性搜索進(jìn)行實(shí)時注釋
快速翻譯選擇內(nèi)容，或顯示注釋或所選框架的翻譯
動態(tài)圖和統(tǒng)計(jì)信息，用于序列特性，例如pI，分子量，熔點(diǎn)，AA組成等
5、序列比對
DNA或蛋白質(zhì)的多重和成對序列比對，包括全基因組比對
與包括Aligner，MUSCLE，MAFFT，Clustal Omega，MAUVE和LastZ在內(nèi)的可信算法保持一致
使用實(shí)時翻譯和突出顯示查看和編輯路線
6、系統(tǒng)發(fā)育學(xué)
使用Geneious Prime 2021樹構(gòu)建器，MrBayes，PAUP *，PhyML，RAxML等構(gòu)建樹
可視化，編輯和標(biāo)記您的樹
交互式距離矩陣查看器
出版物質(zhì)量出口
7、微衛(wèi)星分析
導(dǎo)入原始ABI跟蹤文件
修剪，預(yù)測和手動調(diào)整峰
Bin進(jìn)入等位基因
產(chǎn)生等位基因調(diào)用的表格輸出
8、分子克隆
查看質(zhì)粒圖譜，自動注釋載體以及帶有注釋的復(fù)制粘貼序列
一步式GoldenGate（IIS類型）和限制克隆
基于同源性的克隆，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion
TOPO克隆
克隆操作的父母/后代血統(tǒng)追蹤
密碼子優(yōu)化和反向翻譯
沉默突變分析以發(fā)現(xiàn)潛在的限制性酶切位點(diǎn)
模擬PCR，消化和連接
CRISPR站點(diǎn)查找器
9、底漆設(shè)計(jì)
自動設(shè)計(jì)針對任何目標(biāo)區(qū)域或整個序列的PCR和測序引物以及雜交探針
在序列視圖中輕松添加引物
設(shè)計(jì)基本和簡并PCR引物
在設(shè)計(jì)過程之前，之中或之后添加和刪除引物序列的延伸
引物特異性測試，以檢查模板序列上是否有其他結(jié)合位點(diǎn)
篩選物理性質(zhì)，發(fā)夾和引物二聚體
以FASTA，電子表格或GenBank格式拖放引物
10、數(shù)據(jù)管理與協(xié)作
拖放導(dǎo)入文件和文件夾，包括 Vector NTI數(shù)據(jù)庫
將電子表格中的元數(shù)據(jù)導(dǎo)入序列和其他文檔
智能NGS導(dǎo)入–一步導(dǎo)入任何種類的SAM，BAM，GFF，BED和VCF文件
直觀的基于文件夾的項(xiàng)目組織
無縫集成共享數(shù)據(jù)庫
快速搜索數(shù)據(jù)庫中的所有序列和元數(shù)據(jù)
廣泛的出口選擇
11、搜索和爆炸
直接訪問NCBI公共BLAST數(shù)據(jù)庫
私人本地數(shù)據(jù)庫的自定義BLAST
集成搜索外部數(shù)據(jù)庫，包括GenBank和UniProt
將序列直接上傳到GenBank
在PubMed中搜索文獻(xiàn)
針對本地或共享數(shù)據(jù)庫的高級搜索
12、工作流程
使用可視化編輯器創(chuàng)建用于自動化批量分析的工作流
超過20種內(nèi)置工作流，用于執(zhí)行管道，包括將變體應(yīng)用于參考序列，圖譜讀取然后查找SNP和隨機(jī)采樣序列
通過編寫自定義代碼工作流的選項(xiàng)擴(kuò)展功能
13、API和開發(fā)人員
使用插件開發(fā)套件添加特殊功能或與其他系統(tǒng)集成
添加您喜歡的算法，數(shù)據(jù)庫或可視化

Geneious Prime分子生物學(xué)和NGS分析工具使用幫助

一、RNA/DNA二級結(jié)構(gòu)折疊查看器
1、默認(rèn)情況下，當(dāng)選擇寡序列中僅示出這個瀏覽器。如果要在非寡核苷酸序列上使用RNA折疊，請轉(zhuǎn)到工具→首選項(xiàng)→外觀和行為，然后啟用顯示所有序列上的顯示DNA/RNA折疊視圖選項(xiàng)。這將顯示任何小于3000 bp序列的標(biāo)簽。如果選擇的序列是DNA，則選項(xiàng)卡將標(biāo)記為DNA Fold，如果是RNA，則將標(biāo)記為RNA Fold。
2、折疊預(yù)測由Vienna package RNAfold工具執(zhí)行。
使用“查看選項(xiàng)”，可以打開/打開和著色基礎(chǔ)，翻轉(zhuǎn)坐標(biāo)，突出顯示序列的開始（藍(lán)色）和結(jié)束（紅色）并旋轉(zhuǎn)模型。與其他查看器一樣，您可以放大模型并拖動視圖，或者使用與序列查看器相同的鍵盤修改器使用滾輪。選擇在序列視圖和折疊視圖之間同步。此外，在拆分視圖模式下，折疊查看器在放大時將滾動到所選區(qū)域。默認(rèn)情況下，將使用“按概率顏色”，其中紅色堿基是堿基在配對區(qū)域中彼此配對或在未配對區(qū)域中不配對的可能性最大的堿基。綠色是中間點(diǎn)，藍(lán)色是最低的概率。僅當(dāng)使用分區(qū)功能時，才可以按概率進(jìn)行顏色設(shè)置。更改它們的設(shè)置時，“計(jì)算選項(xiàng)”將重新運(yùn)行RNAfold，因此，根據(jù)序列的大小，可能會有明顯的重新計(jì)算時間。
二、3D蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)查看器
對于分子結(jié)構(gòu)文檔，例如PDB文檔，這將顯示該結(jié)構(gòu)的交互式三維視圖。
1、結(jié)構(gòu)視圖操縱
單擊并拖動鼠標(biāo)以旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)。
按住Alt或Shift鍵，然后單擊并拖動以放大/縮小
按住Ctrl鍵，然后右鍵單擊并拖動以進(jìn)行平移；如果使用Mac，請按住并按住Ctrl鍵和Alt / Option，然后拖動以進(jìn)行平移。
2、選擇控件
結(jié)構(gòu)右側(cè)是控件，可讓您控制結(jié)構(gòu)的選定部分。
如果您正在查看的結(jié)構(gòu)包含多個模型，則可以在模型組合框中進(jìn)行選擇。
選擇按鈕使您可以選擇結(jié)構(gòu)的全部，無選擇或未選擇的區(qū)域，以及按元素，組類型或輔助結(jié)構(gòu)選擇。
突出顯示選中的復(fù)選框可讓您選擇是否在結(jié)構(gòu)視圖中突出顯示選定的原子。
結(jié)構(gòu)樹以樹格式顯示結(jié)構(gòu)中的原子。單擊樹中的區(qū)域以選擇那些區(qū)域。您也可以按住Shift鍵和Ctrl鍵單擊一次以選擇多個區(qū)域。
該命令框使您可以鍵入任意的jmol腳本命令。要查看一些示例，請?jiān)诳虻南吕藛沃羞x擇一個預(yù)先填充的選項(xiàng)。
3、顯示菜單
查看器頂部是顯示菜單。您可以在此處修改結(jié)構(gòu)的外觀。
“重置”使您可以重置結(jié)構(gòu)的位置，將結(jié)構(gòu)的外觀重置為默認(rèn)外觀，或者將結(jié)構(gòu)的外觀重置為其上次保存時的外觀。
顏色使您可以更改原子所選區(qū)域的配色方案。
樣式可讓您將分子所選區(qū)域的樣式更改為例如空格或卡通視圖。
原子使您可以隱藏原子或更改分子在選定區(qū)域中的大小。您還可以選擇是否顯示氫原子和原子符號。
鍵使您可以隱藏鍵或在分子的選定區(qū)域中更改鍵的大小。共價鍵/離子鍵，氫鍵和二硫鍵可分別受影響。
“效果”使您可以切換整個分子的自旋，抗鋸齒，立體和平板效果。
保存可保存分子的當(dāng)前外觀。
三、查看，編輯和提取注釋
1、注釋用于描述和可視化序列和比對中的特征，例如編碼區(qū)域，限制位點(diǎn)和重復(fù)元件。 注釋可以直接在序列查看器中的序列上注釋，也可以在邏輯上分為軌道。 軌道是一個或多個注釋類型的集合。 軌道垂直堆疊在所討論的序列下方，每個軌道及其注釋都有單獨(dú)的一行。
2、批注可能具有一個或多個與之關(guān)聯(lián)的屬性或限定符。 這些可以在創(chuàng)建注釋時添加，也可以在以后通過編輯注釋添加。 要查看給定注釋的屬性，請將鼠標(biāo)放在序列查看器中。 這將顯示一個工具提示，列出該批注的名稱，類型，長度，間隔和順序以及任何其他限定符，通過將鼠標(biāo)懸停在注釋上來顯示注釋屬性和限定符
四、填充注釋
Geneious Prime 2021具有許多為序列添加注釋的功能。 它們可以手動添加，從外部來源導(dǎo)入，從其他序列轉(zhuǎn)移或作為結(jié)構(gòu)或基因預(yù)測步驟的一部分添加。

Geneious Prime 2021新功能

1、分析CRISPR編輯結(jié)果
輕松對齊，聚類和可視化CRISPR編輯實(shí)驗(yàn)中的NGS讀數(shù)。通過您選擇的應(yīng)用程序（包括HDR，NHEJ和基礎(chǔ)編輯器）分析變體的頻率及其蛋白效應(yīng)。
2、增強(qiáng)型搜索選項(xiàng)
通過一個統(tǒng)一的界面快速訪問您的文檔，文件夾，分析工具和最近查看的項(xiàng)目。
3、密碼子優(yōu)化和反向翻譯改進(jìn)
2020.2 –將鼠標(biāo)懸停在優(yōu)化密碼子上，以獲取有關(guān)同義密碼子及其頻率的更多信息。
2020.1 –為模型生物定制密碼子優(yōu)化參數(shù)。
2020年–全新的密碼子優(yōu)化算法使您可以通過從蛋白質(zhì)或核苷酸序列開始生成新序列，來匹配所選生物體的密碼子用法。
4、分析CRISPR編輯結(jié)果的新工具
從CRISPR編輯實(shí)驗(yàn)的結(jié)果中比對NGS測序并使其聚類
支持各種應(yīng)用程序，包括HDR，NHEJ和基本編輯器
可視化與未突變參考序列相比的變體
分析變體的頻率及其蛋白效應(yīng)
5、增強(qiáng)的搜索界面
使用文本查詢從單個統(tǒng)一界面實(shí)時搜索文件夾和文檔
搜索Geneious Prime中可用的分析工具（操作）的新功能
輕松訪問其他高級搜索選項(xiàng)
快速訪問最近查看的文件夾和文檔
6、密碼子優(yōu)化改進(jìn)
有關(guān)優(yōu)化密碼子注釋的信息工具提示可在所選密碼子使用表中提供有關(guān)同義密碼子及其頻率的信息
現(xiàn)在，在通過選擇注釋優(yōu)化選擇的區(qū)域時，將考慮包括方向性和CDS codon_start信息在內(nèi)的注釋屬性
當(dāng)以多個間隔優(yōu)化選定注釋時，跨間隔優(yōu)化選擇，并且允許密碼子跨越相鄰間隔
當(dāng)優(yōu)化反向選擇區(qū)域時，反向互補(bǔ)序列現(xiàn)在已優(yōu)化

Geneious的解決方案

1、領(lǐng)先的解決方案
廣泛的解決方案在世界范圍內(nèi)使用。小型生物技術(shù)初創(chuàng)企業(yè)，大型制藥組織，學(xué)術(shù)團(tuán)體以及介于兩者之間的每個人都使用Geneious優(yōu)化序列數(shù)據(jù)管理，鼓勵一致性和協(xié)作性并加上快速分析速度。
2、生物制藥藥物發(fā)現(xiàn)
從事治療抗體研發(fā)的企業(yè)正在選擇Geneious Biologics，以快速，準(zhǔn)確地探查大量抗體序列信息，以縮小對成功候選者的搜索范圍并進(jìn)行更快的創(chuàng)新。
如何運(yùn)作：Geneious Biologics與Geneious Prime完全相互操作。無縫的云集成使用戶可以將序列數(shù)據(jù)從Geneious Biologics實(shí)時傳輸?shù)紾eneious Prime，反之亦然，從而簡化了用于下游處理的NGS抗體的傳輸。
盡量減少在應(yīng)用程序之間導(dǎo)出NGS和化驗(yàn)數(shù)據(jù)的需要，消除了重大的數(shù)據(jù)管理挑戰(zhàn)，并降低了數(shù)據(jù)丟失風(fēng)險。在Geneious Biologics云平臺上管理的工作流是可記錄和可溯源的，從而簡化了整個藥物返現(xiàn)過程中抗體NGS數(shù)據(jù)流。在云中整合抗體研究數(shù)據(jù)還可以減緩信息的可追溯性，這是保護(hù)關(guān)鍵IP的重要考慮因素。
3、商業(yè)生命科學(xué)
在制藥，診斷和農(nóng)業(yè)科學(xué)等眾多領(lǐng)域工作的組織使用Geneious Prime來提高團(tuán)隊(duì)的效率并釋放序列數(shù)據(jù)的價值。
如何運(yùn)作：Geneious Prime出色的互操作性，包括API，插件開發(fā)和創(chuàng)建工作流的能力，意味著科學(xué)可以更快地完成。集中化程序列數(shù)據(jù)管理和分析可減少團(tuán)隊(duì)之間的混亂，并最大程度地提高寫作的收益。
Geneious Prime提供了市場最廣泛的分析工具。輕松的分子克隆應(yīng)用程序是隨行業(yè)趨勢而更新的，并且諸如組裝，比對和BLAST搜索之類的工具在一個全面的套件中都可用。用戶可以迅速掌握Geneious Prime的直觀設(shè)計(jì)，從而減少了訓(xùn)練團(tuán)隊(duì)所需的時間。
4、學(xué)術(shù)與政府研究
學(xué)生，學(xué)者和政府專業(yè)人員可以控制他們的序列數(shù)據(jù)并發(fā)現(xiàn)有價值的見解。Geneious Prime在賦予科學(xué)力量方面的聲譽(yù)使其成功為世界上被引用次數(shù)最多的序列分析和管理關(guān)鍵。
如何運(yùn)行：由于其運(yùn)行的全面性，Geneious Prime在眾多研究學(xué)科中扮演著不可或缺的角色?？梢院唵蔚貙?dǎo)入或轉(zhuǎn)換包括NGS在內(nèi)的各種數(shù)據(jù)類型，從而是科學(xué)家可以利用新的測序技術(shù)，并最大限度地利用舊數(shù)據(jù)集的價值。
系統(tǒng)發(fā)育學(xué)家可以使用最佳的同行評審算法來比對序列和構(gòu)建樹?？梢栽趯?shí)驗(yàn)室工作之前設(shè)計(jì)克隆策略?？梢宰⑨尰蚪M，并使用功能強(qiáng)大的工具檢測變異。序列可以輕松對齊和組裝。
Geneious Prime是教學(xué)許多學(xué)科基礎(chǔ)知識的絕佳工具，因?yàn)樗鼮閷W(xué)習(xí)者提供了直觀的接觸點(diǎn)。

推薦配置

Windows 7、8、8.1和10。請注意，Geneious Prime 2020及更高版本不支持32位Windows
注意：Windows不支持以下插件：TopHat，Velvet Optimiser
注意：使用Spades和Flye插件需要Windows 10以及用于Linux的Windows子系統(tǒng)