bioxm(基因序列分析軟件)

bioxm中文版是一款基于Windows的核酸序列分析開發(fā)的一款基因序列分析軟件，由南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)生研究開發(fā)的。功能還是非常多的，主要用于常規(guī)分析DNA序列資料，包括ORF查找、序列格式化、翻譯、限制酶酶切位點分析、引物輔助設(shè)計、兩個序列Blast比較等，另外還提供了序列格式文件的批量轉(zhuǎn)換工具，引物濃度計算工具，Tm計算，酶位點查詢工具，自動去載體序列工具以及SCI影響因子查詢等等。收藏夾中還收錄了很多常用的基因或蛋白分析網(wǎng)址，包括了多序列比較和進(jìn)化樹分析，Bioxm中文版界面簡潔，操作易上手，有需求的朋友可以下載。

中文版功能特色

1、酶切位點分析
輸入序列之后，依次打開：序列分析>酶切位點分析，最后 點"開始分析"
2、DNA 統(tǒng)計分析
除了分析A、G、C、T、N的組成之外，還可以分析GC%的變化趨勢。
3、序列比較
BioXM提供了兩個序列比較的BLAST本地工具：
依次打開：序列分析>兩個序列BLAST聯(lián)配，依次選擇序列比較的類型，輸入序列后開始比較

常見問題

1、輸入DNA序列BioXM似乎不能正確識別？
答： 這是因為BioXM默認(rèn)打開的是氨基酸序列，您可以在菜單中選擇“序列整理”命令。
2、序列窗口中的序列容易混淆，怎么辦？
答： 鼠標(biāo)雙擊序列窗口可以更改序列標(biāo)簽名，使您不會混淆各窗口。
3、每次輸入DNA序列總是保留其他非法序列怎么辦？
答： 您可以在選項中打開強(qiáng)制識別序列為DNA，這樣就會祛除其他非法序列。但是如果您要打開氨基酸序列，必須關(guān)閉此項目。
4、如何才能快速了解新版本BioXM的特色？
答： 打開幫助>更新記錄>可以使您快速了解新版本BioXM的特色。
5、我想編輯序列，該如何做？
答： 如果您要編輯序列或更改序列顏色，可以關(guān)閉工具欄中的“是否允許序列自動格式化”圖標(biāo)。
6、查找SSR時好象有所遺漏？
答： 其實這并不是BioXM的錯誤，考慮到相近的SSR有可能是相同的（至少非常相似）,我們設(shè)置了兩個重疊SSR之間的距離，將其設(shè)置的小一些可能會出現(xiàn)更多的彼此靠近的SSR。
7、我運(yùn)行BioXM總是忘記了時間怎么辦？
答： 不要緊，您可以在選項中打開“提醒打開BioXM時間”選項卡，這樣每過1個小時，BioXM就會自動提醒您。
8、窗口數(shù)目太少，怎么辦？
答： 在工具>選項>序列窗口>中可以更改窗口出現(xiàn)的數(shù)目和背景色。 

更新日志

v2.6版本
1、增加了2-4個序列窗口，序列分析更加方便
2、改進(jìn)了界面，增加了新的圖標(biāo)
3、選項中增加了“序列”窗口選項卡，允許設(shè)置窗口數(shù)目及背景顏色等
4、修改了Blast程序的界面，更專業(yè)
5、酶切位點的位置增加了簡單的圖示
6、允許改變序列窗口的標(biāo)簽名
7、菜單中增加了“技巧和提示”
8、選項中增加菜單顯示方式：XP或2003式樣
9、選項中增加是否需要運(yùn)行BioXM時間提示
10、工具中加入SSR搜索程序(v1.00)，與其他程序相比，采用新的算法，對于超過100kb的序列搜索速度快
11、徹底改變文本框?qū)τ谛蛄虚L度的限制
12、改進(jìn)了序列快速格式化的算法，對于長序列速度顯著加快
13、序列分析中加入蛋白質(zhì)分子量和等電點計算